Problematiku speciálního vzdělávání má v kompetenci Oddělení speciálního vzdělávání, školských poradenských zařízení
a primární prevence (202), které zejména:
- zajišťuje celostátní koncepci pro inkluzívní a speciální vzdělávání, včetně vzdělávaní nadaných;
- celostátní koncepci pro speciálně-pedagogické a psychologické poradenství v ČR;
- řízení systému speciálně-pedagogického a psychologického poradenství v ČR;
- zpracování věcného řešení právních předpisů v oblasti inkluzívního a speciálního vzdělávání a speciálně-pedagogického a psychologického poradenství;
- implementaci systémových celostátních koncepcí pro inkluzívní a speciální vzdělávání a školství v ČR;
- implementaci celostátních koncepcí pro speciálně-pedagogické a psychologické poradenství v ČR;
- koncepci a analýzy řízení kvality a zlepšování výsledků inkluzívního a speciálního vzdělávání a školských poradenských zařízení;
- vytváření koncepce, obsahu a koordinaci v oblasti specifické primární prevence rizikového chování u dětí a mládeže v působnosti resortu školství, mládeže a tělovýchovy;
- spolupráci při přípravě podkladů pro vyhlašování a metodickém vedení žadatelů o dotaci v oblasti prevence rizikového chování u dětí a mládeže;
- spolupráci, koordinaci a organizaci pracovních setkání s krajskými školskými koordinátory prevence, metodiky prevence působícími v pedagogicko-psychologických poradnách a školními metodiky prevence v oblasti primární prevence rizikového chování;
- vytváření koncepcí a obsah činnosti přímo řízených organizací ministerstva v oblasti speciálních škol;
- přípravu materiálů legislativní povahy týkající se předmětné problematiky – návrhy zákonů a ostatních právních předpisů upravujících oblast speciálního vzdělávání;
- podílí se na zadávání úkolů a vyhodnocení výsledků vědeckovýzkumné činnosti v oblasti primární prevence;
- osvětě a propagaci výchovné a vzdělávací činnosti v oblasti specifické primární prevence rizikového chování;
- přípravě materiálů legislativní povahy problematiky prevence rizikového chování u dětí a mládeže;
- na přípravě, realizaci a vyhodnocení koncepčních a strategických dokumentů v oblasti své působnosti a rámcových vzdělávacích programů pro školy zřízené podle § 16 odst. 9 školského zákona.